El 6 de enero de 1888, por Bula, el Papa León XIII es constituido canónicamente Obispo de Córdoba y La Rioja (en ese momento, una sola Diócesis).

Pide autorización al Papa León XIII para continuar usando el Misal y Breviario de la Orden, compatible con su dignidad de Obispo Diocesano, concediéndosele. Muestra aquí su espíritu dominicano y su amor entrañable por la Orden a la que pertenecía.

El 19 de agosto de 1888, fue consagrado Obispo por el Arzobispo de Buenos Aires Federico Aneiros en la iglesia de Santo Domingo de Buenos Aires.
Inmediatamente comienza su labor pastoral, de la misma manera que la había realizado con sus hermanos los frailes.

En ese mismo mes, difundió su primera Carta Pastoral. Se preocupa tanto por las realidades materiales como las espirituales. Tres son los elementos fuertes de su acción pastoral: las misiones, la educación y ya formación del clero. Pero fundamentalmente es un manifiesto de su profundo amor a la humanidad, a todos los hombres, especialmente a los que más sufren. Siempre buscó congregar, acercar, superar enconos políticos y sociales, suavizar, abrazar. Como un verdadero padre de su numerosa grey.

Todas sus acciones tendían a fortalecer estas realidades. Buscó el terreno e impulsó la construcción del Seminario Mayor, ya que el antiguo seminario colindante con la Catedral estaba en precarias condiciones.

Se preocupó por la formación intelectual y espiritual del Clero, promoviendo acciones al respecto. Informa la Ministro de Culto: “La falta de hombres que trabajen con celo para instruir esas poblaciones bien inclinadas pero ignorantes, la falta de Clero suficiente, constituyen el obstáculo mayor para su progreso espiritual como temporal. La creación de nuevos Curatos que demanda el creciente número de sus habitantes, y una nueva delineación de los existentes, son medidas designadas también como conducentes y necesarias para remediar estos males. Tendré mucha satisfacción en hacer conocer estas observaciones a los dos gobiernos que comprenden el obispado y con quienes hoy como siempre conservo amistosas y cordiales relaciones, para que estos arreglos se efectúen afortunadamente.” (AAC. Carta al Ministro de Culto Don Filemón Cabanillas-31 de enero de 1890)

Autorizó el establecimiento de las religiosas de Nuestra Señora de la Caridad del Buen Pastor que atenderían el Colegio de Instrucción Práctica y luego el Taller de la Sagrada Familia.

También propició la creación del Colegio Santo Tomás de Aquino, pidiendo a los frailes dominicos Lacorderianos y luego a los padres, escolapios su dirección.
Viajó insistentemente por toda su diócesis: La Rioja y sus curatos importantes: Chilecito y Famatina. En Córdoba lo vemos visitando los numerosos curatos: Deán Funes, Santa Rosa de Rio I, Río Cuarto, Cruz del Eje, Jesús María, San Francisco.

Los viajes a traslasierra fueron frecuentes, confirmando, bautizando, realizando misiones y dirigiendo tandas de ejercicios en Villa del Tránsito. Escribe a las hermanas: “Les contaré desde que las dejé a Uds. y llegué a Deán Funes hasta hoy que están ochocientas en ejercicios, he confesado en Deán Funes novecientos, en Cruz del Eje 300 hombres, en Soto cuatrocientas mujeres, en San Carlos 90 mujeres. En Salsacate 150 hombres y 200 mujeres. En la Ciénaga 40 hombres y acá en el Tránsito 220 mujeres”. (AGDSJ. Carta a las hermanas Dominicas de San Jose- 1889).

Dirigió e impulsó la restauración y construcción de numerosos templos: el de Villa del Rosario, el de Cruz del Eje, Tulumba, La Carlota, Leones, Colonia Caroya, Marcos Juarez, etc. Crea nuevas Parroquias para la mejor atención de los feligreses: Alta Gracia, Sacanta, Villa Nueva, Morteros, San Francisco, Villa del Rosario. También acompañó la restauración de los Templos de la Rioja, la Iglesia Matriz, de los Mercedarios y de Chilecito, destruidos por el terremoto de 1894.

La prensa católica se vio impulsada también por su acción pastoral, sobre todo con la creación del Diario Los Principios.

La creación del Círculo de Obreros Católicos respondió a la necesidad de agrupar y proteger el trabajo de los más pobres, defendiendo sus derechos y su dignidad.

En 1889 protestó por la detención del Canónigo Apolinario Argañaraz que había celebrado un matrimonio sin solicitar el matrimonio civil previo. Defendió enérgicamente el derecho del matrimonio sacramental.

Creaba 1889 la Sociedad Cooperadora de las Misiones de la Diócesis de Córdoba, por Carta Edicto. Esta acción favoreció y apoyó la realización de numerosas misiones en el interior de la Diócesis.

En diciembre de 1891 parte con destino a Buenos Aires (en tren) primera etapa de su viaje con destino a Roma para realizar la 1° Visita ad Limina Apostolorum de la diócesis, acompañado por su Secretario Pbro. Rosendo de la Lastra y Dr. Jorge Poulson. Es el primer Obispo argentino en realizar esta visita.

Comprendiendo que la extensión territorial de su Diócesis impedía la buena atención de sus feligreses, solicita el nombramiento de dos Obispos Auxiliares con sede fija en Río IV y La Rioja. Expresa: “en muchas de estas poblaciones hay una absoluta ignorancia de doctrina y prácticas de nuestra religión y porque en la mayor parte de esta campaña mueren las gentes sin haber recibido jamás el sacramento de la confirmación y frecuentemente ninguno. Las distancias y los caminos entre las montañas en la provincia de La Rioja la hacen dificilísimo para un solo Obispo en Córdoba de atender a las necesidades de toda la diócesis; añadiendo que los tres últimos Obispos han muerto durante las fatigas de sus Visitas allí o poco después. Además, que Córdoba, sede del Obispado y centro universitario, es pueblo de lucha entre el bien y el mal y requiere la permanencia del Obispo más que en parte alguna…” (ASV- Argentina- 1890/1892- Pos 224- Fasc.15/25).

En 1892, gracias a sus gestiones ante el Papa León XIII, por solicitud del pueblo de Córdoba, se realiza, en solemne ceremonia, la coronación pontificia de la imagen de Nuestra Señora del Rosario del Milagro.

Para tal fin se construye un Domo en la actual plaza Vélez Sarsfield. Ante la concurrencia del pueblo, sacerdotes y religiosos, Reginaldo coloca la corona a las imágenes de la Virgen y el Niño.

Por gestiones que realizó ante el gobierno provincial, el 10 de junio de 1896, se le otorga, por ley provincial los terrenos 46 y 47 de Nueva Córdoba para construir la Cárcel de Mujeres del Buen Pastor.

En mayo de 1897 bendijo y colocó la primera piedra del edificio del Buen Pastor que se construiría sobre la Avenida Argentina (actual Hipólito Irigoyen).
En setiembre del mismo año, bendijo la colocación de la piedra fundamental del templo de las Concepcionistas Argentinas en Bajo Galán.

En setiembre de 1889 presidió el acto de toma de posesión del Taller y Asilo de la Sagrada Familia por las Hnas. Terciarias Franciscanas de la Caridad, tras aprobar las gestiones realizadas por Fray Zenón Bustos para su instalación.

El 16 de octubre de 1898 bendijo la capilla de las Hnas. Terciarias Mercedarias del Niño Jesús (Alta Córdoba), previo traslado de la imagen de la Virgen de la Merced desde el centro de la ciudad.

En setiembre de 1899 ccolocó la piedra fundamental de la iglesia de la Sagrada Familia de las Hnas. Terciarias Franciscanas de la Caridad (calle Humberto I ).
Del 15 al 18 de julio de 1900 participó de las fiestas de la Coronación de la Virgen de Itatí en Corrientes, dando la bendición con el Santísimo el día 16.

Su amor por la Iglesia fue fidelísimo. Amaba todos los carismas dentro de ella, valoraba y recibía a cada Orden o Congregación en su diócesis, su corazón era generoso y su espíritu amplio.

Mientras realizaba como Obispo todas estas gestiones, se preocupaba por su diócesis y sus feligreses, escribía sin descanso cartas: a los frailes, a las hermanas dominicas, al Maestro General de la Orden. También se dirigía a las personas de la política de la época a los fines de lograr fondos para las numerosas construcciones que llevaba adelante, para expresar su opinión sobre las decisiones que consideraba menos felices para el país, en fin. No dejaba de atender todos los frentes a los cuales podía acceder para convencer, evangelizar, reformar o concientizar.

El 25 de octubre de 1900, mientras realizaba la Visita Pastoral en Santa Rosa de Río Primero, tuvo una hemiplejía en la casa de las Hnas. Terceras Dominicas de San José. Fue trasladado a Córdoba y su salud se vio paulatinamente deteriorada. Aun así, siguió trabajando:

Creó el Curato de Nuestra Señora de la Merced de Arroyito, de Nuestra Señora de la Consolata de Sampacho, de La Anunciación de Canals.
En los últimos meses, sin poder hablar ni moverse, ofreció valientemente su silencio, su oración y sus dolores físicos por la Iglesia.

Los que lo acompañaban y atendían, destacaron su ejemplo de docilidad y fortaleza hasta el fin. Cuando la enfermedad lo postró, no permitiéndole continuar eficientemente su labor, delegó el gobierno de la diócesis en Filemón Cabanillas.

Vivió su larga enfermedad con la entereza de siempre: “En vuestras oraciones, hijos amadísimos, seréis siempre acompañados por vuestro Pastor que postrado en el lecho del dolor, por la voluntad divina, no os olvida un solo instante y os tiene siempre presentes en sus plegarias al Eterno y especialmente a la Purísima Reina del Cielo, a quiénes suplica sin cesar, que os colme de sus bendiciones y de todos sus favores.” ( AAC- Carta Pastoral 27 de setiembre de 1902)

El 21 de agosto de 1904 entregó su vida definitivamente a Dios, acompañado por los frailes y hermanas, en el Palacio episcopal de Córdoba (actual sede Histórica del Movimiento Obrero). Sus restos descansan en la Capilla de San José, en la Casa Madre de las Hermanas Dominicas.

«El peso de responsabilidad que carga sobre nuestra alma como Pastor de esta diócesis, sólo puede soportarse con el auxilio de Dios y el vuestro.»